В новом gnome изменить панель можно только нажав правую кнопку + Alt. Однако, это может не сработать. В таком случае необходимо сменить в настройках gnome <Alt> на <Super>. Самый простой способ:

gconftool -s /apps/metacity/general/mouse_button_modifier -t string "<Super>"

UPD: после этого может перестать работать переключение окон по Alt+Tab, так что оптимальный вариант - поменять Alt на Super, изменить панель и потом вернуть всё обратно.

gconftool -s /apps/metacity/general/mouse_button_modifier -t string "<Alt>"

Дополнительная информация о том, как менять ключи gconf-editor при помощи gconftool:

Get the value of a Gnome setting

gconftool -g /desktop/gnome/peripherals/mouse/left_handed

Set the value of a Gnome setting

gconftool -s /desktop/gnome/peripherals/mouse/left_handed -t bool true

[ ]