chmod -R ugo=,ug=rwX directoryname

u - user
g - group
o - others

ugo= - счмодить всё в 000
=rwX - назначить файлам rw(x сохранить, если назначен), а директориям rwx

Без счмодивания в 000 +x на файлах с +x будет оставаться.